Numbering Code	U-SCI00 33711 LJ68	Year/Term	2022 ・ First semester
Number of Credits	2	Course Type	Lecture
Target Year	3rd year students or above	Target Student
Language	Japanese	Day/Period	Tue.1
Instructor name	OGATA HIROYUKI (Institute for Chemical Research Professor) ENDO HISASHI (Institute for Chemical Research Assistant Professor) OKAZAKI　YUSUKE (Institute for Chemical Research Assistant Professor)
Outline and Purpose of the Course	バイオインフォマティクスは、分子生物学、細胞生物学、医学、生態学、進化学など、様々な生命科学の研究分野で必須とされる技術である。授業では、ゲノム・メタゲノム解析から得られる大規模配列データから生物学的意味を見出すために利用されるバイオインフォマティクス技術について、その基礎を習得する。手法の背景となる理論・概念を理解すると同時に、解析ツールを利用した数回の演習を行う。演習は、学術情報メディアセンターの計算機システムを利用する。
Course Goals	・配列解析の基礎となるアライメント、類似配列検索、遺伝子予測、分子系統解析などの計算手法の原理を理解する。 ・タンパク質の機能予測、比較ゲノム解析、メタゲノム解析で利用される手法や概念を理解する。 ・上述の手法について、実際にソフトウェアの利用を通して、解析ツールの使い方とその機能を習得する。
Schedule and Contents	-授業形式等についてはPandAに随時掲載しますので注意して下さい- 第 1回 配列アライメント（遠藤） 第 2回 ホモロジー検索（緒方） 第 3回 ホモロジー検索　【演習】（遠藤） 第 4回 配列モチーフ・隠れマルコフモデル（緒方） 第 5回 機能・構造予測　【演習】（岡﨑） 第 6回 遺伝子予測（緒方） 第 7回 分子系統解析（緒方） 第 8回 分子系統解析【演習】（岡﨑） 第 9回 データベース利用【演習】（遠藤） 第10回 分子進化（緒方） 第11回 データベース利用・文献検索【演習】（遠藤） 第12回 アセンブリ・比較ゲノム・検定（岡﨑） 第13回 メタゲノム解析（岡﨑） 第14回 メタゲノム解析【演習】（遠藤） 第15回 予備日・フィードバック（緒方）
Course Requirements	分子生物学の基礎を習得していることが望ましいが、必須ではない。
Study outside of Class (preparation and review)	・予習は必ずしも必要ない ・復習においては、講義資料、関連論文の調査、ソフトウェアを実際に利用することを通して、授業内容の理解を深める。
Textbooks	Textbooks/References	講義資料を配布する。
References, etc.	バイオインフォマティクス入門, 日本バイオインフォマティクス学会編, (慶応義塾大学出版会), ISBN:978-4-7664-2251-1 はじめてのバイオインフォマティクス, 藤博幸（編）, (講談社), ISBN:4061538624 Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis, David Mount, (Cold Spring Harbor Laboratory Press), ISBN:0879697121, 邦訳が「バイオインフォマティクス　ゲノム配列から機能解析へ」としてメディカル・サイエンス・インターナショナルから出ています。 ポストゲノム情報への招待, 金久實, (共立出版), ISBN:4320055748