Exercises in Computational Chemistry
| Numbering Code | U-SCI00 33634 SJ60 | Year/Term | 2022 ・ First semester | |
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| Number of Credits | 2 | Course Type | Seminar | |
| Target Year | 3rd year students or above | Target Student | ||
| Language | Japanese | Day/Period | Fri.4 | |
| Instructor name | KIMU HIYONDOUTSU (Graduate School of Science Assistant Professor) | |||
| Outline and Purpose of the Course | 本演習では京都大学学術情報センターの教育用コンピュータシステムを用いて、計算機実験(シミュレーション)の基礎を実習する。計算機システム（Linux）の使い方やFortranプログラミングの初歩を学び、後半は分子動力学シミュレーションの課題に取り組む。 | |||
| Course Goals |
本演習の前半ではまず、FORTRANを用いた簡単なプログラミング実習を行ない、計算機の使い方とFORTRANの基礎的な素養を身につけることを目標とする。 演習の後半では分子動力学法（Molecular Dynamics、MD）のプログラミングを行なうために必要な実践的な手法を学んでいく。 本演習で学んだFORTRANプログラミング及び分子動力学法の基礎的素養があれば、実際の分子動力学法などのプログラムをかなりの程度まで読みこなすことができるようになる。他の知識が必要になったときでも、これまでの素養をもとにFORTRANの各種文法書を参照すれば、おおよその問題は自力で解決できるようになると期待される。 |
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| Schedule and Contents |
以下の各項目について１回～２回の授業を行う。 I.Linuxの基本的な使い方 ログインとログアウト 基本的なコマンド emacsによるテキスト編集 プログラムのコンパイルと実行 II.Fortranプログラミングの基礎 プログラムの基本的な流れを理解する 組み込み関数を利用する 条件文（＝IF文）を活用する DO文を使用する 配列変数を使用する、倍精度型の変数で計算する SUBROUTINE-CALL文を活用する データの入出力をファイルで行なう III.分子動力学シミュレーション gnuplotによるデータのグラフ化 時間発展のアルゴリズム -Euler法とVerlet法- 分子力場と力の計算 I -１粒子の場合- 分子力場と力の計算 II -多粒子の場合- [以下は時間的に余裕が生じた場合に行う] 数値実験データの統計処理 乱数の使用 境界条件の設定 |
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| Course Requirements | 本演習の受講の際は、必ず自分自身のノートパソコンを持参してください。 | |||
| Study outside of Class (preparation and review) | 毎回出題する演習問題は次の週までにできるように復習しておいてください。 | |||
| Textbooks | Textbooks/References | 授業中に配布する独自のプリント資料 | ||
