京都大学 京都大学

Advanced course of genome life sciences

Numbering Code G-BIO10 51038 SJ66 Year/Term 2022 ・ Intensive, year-round
Number of Credits 1 Course Type Seminar
Target Year Master's students Target Student
Language Japanese Day/Period Intensive
Instructor name MIYOSHI TOMOICHIRO (Graduate School of Biostudies Associate Professor)
UEMURA TADASHI (Graduate School of Biostudies Professor)
YAMAMOTO TAKUYA (Center for iPS Cell Research and Application Associate Professor)
YAMANO TAKASHI (Graduate School of Biostudies Associate Professor)
KONDO TAKEFUMI (Graduate School of Biostudies Program-Specific Senior Lecturer)
HATTORI YUKAKO (Graduate School of Biostudies Assistant Professor)
NAKAOKA HIDENORI (Graduate School of Biostudies Assistant Professor)
YOSHITAKE YOSHIHIRO (Graduate School of Biostudies Assistant Professor)
INOUE KEISUKE (Graduate School of Biostudies Assistant Professor)
OHUE RYUJI (Graduate School of Biostudies Assistant Professor)
Outline and Purpose of the Course 次世代シーケンサー（NGS）の台頭により、生命科学研究においてもこれまでとは桁違いのビッグデータをベースに研究をすることが必須になってきている。これからの生命科学研究者はその膨大な情報を自ら読み、理解し、解析する力が問われている。本講義では、これまでのシーケンス技術の発展を歴史的に俯瞰した上で、実際にNGSを用いた最前線の研究例を紹介する。さらに演習ではNGSが出力するファイルに実際に触れ、UNIXや解析ソフトウェアを用いて解析を行い、数字・文字の羅列であるビッグデータから、生物学的な意味を抽出することを目的とする。
Course Goals [1] 次世代シーケンサーの原理・特徴について説明でき、様々な解析手法と応用研究について理解できること。
[2] 基本的なUNIXコマンドについて理解し、ターミナル上で自由に操作することができること。
[3] 次世代シーケンサーが出力するファイル形式を理解し、その解析に必要なソフトウェアについて理解・操作することができること。
[4] 次世代シーケンサーが出力する数字・文字の羅列であるビッグデータから、生物学的な意味を抽出できること。
Schedule and Contents 授業計画と内容については初日の講義で改めて説明する。

9月1日（木）（初日）　講義・演習
2限目　（講義1） 山本拓也（iPS細胞研究所）：次世代シーケンサー(NGS)を用いたiPS・ES細胞研究について
3限目　（演習1） UNIXの基本的なコマンド操作・ターミナル操作方法の習得
4限目　（演習2） UNIXによるテキスト処理
5限目　（演習3） NGSに関連する配列データフォーマットの解説
　　　　
9月2日（金）（二日目）　講義・演習
2限目　（演習4） RNA-seq解析（１）：ショートリードのゲノム配列へのマッピング
3限目　（演習5） RNA-seq解析（２）：発現変動遺伝子の抽出
4限目　（演習6） RNA-seq解析（３）：Rを用いたデータ解析・生物学的意味の抽出
5限目　（演習7） RNA-seq解析（４）：Rを用いたデータ解析・生物学的意味の抽出
Evaluation Methods and Policy 2日間の講義と演習に全て出席した上で、課題を提出することを成績評価の前提とする。詳細については開講時に説明する。
Course Requirements 演習では演習用ノートパソコンを貸与する。ただしその台数（35台）に限りがあるため、履修希望者が一定数を上回った場合は、生命科学研究科の履修希望者へ優先して貸与する。貸与希望の調査についてはおってその旨をPandA等を通じて連絡するが、2014年製以降のMacBook, MacBook AirあるいはMacBook Pro（OSはmacOS Catalina 10.15 以上、メモリは8GB以上）の持参が可能であれば履修を許可する。

基本的に対面形式での演習を予定しているが、履修希望者数が一定数を上回った場合は、オンライン形式での受講措置等を講じることがある。またこれに関わらず、社会的状況を考慮して全面的にオンライン形式で開講する可能性もある。おって詳細について通知するので注意すること。
Study outside of Class (preparation and review) あらかじめ下記のサイトの「UNIX基本コマンド」「R入門」を読んでおくことが望ましいが、必須ではない。 https://github.com/nibb-unix/gitc2017a-unixr/wiki
Textbooks Textbooks/References 教科書は使用しない。演習用のプリントを講義初日に配布する。
References, etc. 次世代シーケンサーDRY解析教本, 清水　厚志, (共立出版(2013)), ISBN:9784059150398
次世代シークエンサーDRY解析教本　改訂第2版, 清水　厚志, (学研メディカル秀潤社(2019)), ISBN:978-4-7809-0983-8, https://gakken-mesh.jp/book/detail/9784780909838.html
新Linux/UNIX入門 第3版, 林 晴比古, (ソフトバンククリエイティブ（2012）), ISBN: 978-4-7973-6984-7
RNA-Seqデータ解析　WETラボのための鉄板レシピ, 坊農　秀雅, (羊土社(2019)), ISBN:978-4-7581-2243-6, https://www.yodosha.co.jp/yodobook/book/9784758122436/
「次世代シーケンサーDRY解析教本」に関しては希望者に10冊まで貸し出すことができる。ただし現在第２版が出版されており、そちらを推奨する。
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