海洋微生物学演習
授業の特色
海洋や湖沼といった水圏に生息する微生物に関する学術論文を掲載した主要科学雑誌や専門書を精読し、要点を簡潔に記したレジュメを作成してこれをもとに討論を行ない、論理的思考を養うとともに専門知識と研究手法を修得する。
授業の紹介
生命の起源とされる海洋は地球表面積の7割を占め、生物量の豊富さと多様性は地上をしのぐものの深海熱水孔から沿岸域に至るまで、生物資源の探索・研究が極一部に限られているのが現状です。海洋環境は未知微生物生態系と人類に有用な海洋微生物や遺伝子資源を豊富に有しています。本セミナーは、論理的思考を養うとともに、海洋微生物学に関する専門知識と研究手法を修得することを目的としています。そのために、水圏に生息する微生物に関する分類、生態、生活史、生理・生化学、分子生物学や応用科学に関する学術論文を精読してその内容を簡潔に発表し論議します。
講義詳細
- 年度・期
- 2011年度・通年
- 開講部局名
- 農学部
- 使用言語
- 日本語
- 教員／講師名
- 左子 芳彦（農学研究科 教授）
吉田 天士（農学研究科 准教授）
吉永 郁生（農学研究科 助教）
シラバス
| 開講年度・開講期 | 2011年度 通年 | 授業形態 | 演習 |
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| 対象学生 | 4回生 | ||
| 教員 | 左子 芳彦 教授 (農学研究科) 吉田 天士 准教授 (農学研究科) 吉永 郁生 助教 (農学研究科) |
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| 授業の概要・目的 | 第1回 9つのバイオームにおける機能遺伝子のメタゲノムプロファイル Nature 452, 629-632 (2008) 第2回 ラン藻の光合成による CO2 のイソブチルアルデヒトへの再利用 ] Nat. Biotechnol. 27, 1177-1180 (2009). 第3回 Staphylococcus aureus の主要シグマ因子に結合および転写を阻害する ファージG1 由来のポリペプチド J. Bacteriol. 191, 3763-3771 (2009) 第4回 微生物は環境変化を適応的に予測する Nature 460, 220-224 (2009) 第5回 嫌気性 CO 資化性菌 Carboxydothermus hydrogenoformans 由来2 つの膜関連 NiFeS-Carbon Monoxide Dehydrogenases に関する研究 J. Bacteriol. 183: 5134 (2001) 第6回 熱水噴出孔から分離された古細菌による 92°Cでの窒素固定 Science 314, 1783-1786 (2006) 第7回 比較プロテオミクスによって明らかになった海洋細菌 Roseobacter denitrificans Och114 のファージ耐性 Curr Microbiol 61: 141-147 (2010) 第8回 Bacillus subtilis における transition state regulator AbrB とそのホモログAbh のゲノムへの結合プロファイリングから見る転写制御時の相互作用的役割 Nucleic Acids Res 39: 414-428 (2011) 第9回 古細菌由来 type III RuBisCO は AMP 代謝に関与する Science 315, 1003 (2007) 第10回 微生物群集におけるウイルス個体群のダイナミクスと ウイルス抵抗性の獲得 Science 320, 1047-50 (2008) 第11回 海洋窒素循環において重要な単細胞性窒素固定型ラン藻であるCyanothece 51142 のゲノム解析 Proc. Natl. Acad. Sci. 105: 15094-9 (2008) 第12回 遺伝子組み換えラン藻による脂肪酸の生成Proc. Natl. Acad. Sci USA. 108, 6899-6904 (2011) 第13回 海洋性シアノファージと多様な宿主および環境由来の T4 様ファージとのゲノム比較解析 Environmental Microbiology 12(11), 3035–3056(2010) 第14回 近縁な細菌と古細菌のゲノム比較によって明らかになった原核生物の進化傾向 J. Bacteriol. 191: 65-73 (2009) 第15回 誘導適合と熱安定性の構造基盤を示す Thermus thermophilus HB8由来 ATP 依存型ホスホエノールピルビン酸カルボキシキナーゼの構造 Acta Crystallographica. D61, 1500-1507 (2005) |
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| 授業計画と内容 | ◎学術論文の紹介・発表・討論 海洋や湖沼といった水圏に生息する微生物に関する学術論文を掲載した主要科学雑誌や専門書を精読し、要点を簡潔に記したレジュメを作成してこれをもとに討論を行ない、論理的思考を養うとともに専門知識と研究手法を修得する。 [授業スケジュール] 第1回：9つのバイオームにおける機能遺伝子のメタゲノムプロファイル 第2回：ラン藻の光合成によるCO2のイソブチルアルデヒドへの再利用 第3回：Staphylococcus aureusの主要シグマ因子に結合および転写を阻害するファージG1由来のポリペプチド 第4回：微生物は環境変化を適応的に予測する 第5回：嫌気性CO資化性菌Carboxydothermus hydrogenoformans由来2つの膜関連NiFeS-Carbon ｍonoxide dehydrogenasesに関する研究 第6回：熱水噴出孔から分離された古細菌による92℃での窒素固定 第7回：比較プロテオミクスによって明らかになった海洋細菌Roseobacter denitrificans Och114のファージ耐性 第8回：Bacillus subtilis におけるtransition state regulator AbrBとそのホモログAbhのゲノムへの結合プロファイリングから見る転写制御時の相互作用的役割 第9回：古細菌由来type III RuBisCOはAMP代謝に関与する 第10回：微生物群集におけるウイルス個体群のダイナミクスとウイルス抵抗性の獲得 第11回：海洋窒素循環において重要な単細胞性窒素固定型ラン藻であるCyanothece 51142のゲノム解析 第12回：遺伝子組み換えラン藻による脂肪酸の生成 第13回：海洋性シアノファージと多様な宿主および環境由来のT4様ファージとのゲノム比較解析 第14回：近縁な細菌と古細菌のゲノム比較によって明らかになった原核生物の進化傾向 第15回：誘導適合と熱安定性の構造基盤を示すThermus thermophilus HB8由来ATP依存型 ホスホエノールピルビン酸カルボキシキナーゼの構造 [授業体制] 第１回～第15回 発表、ディスカッション |
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| 成績評価の方法・観点 | 出席ならびに発表のレベルと討論への参加状況等を総合的に評価する。 |
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| 履修要件 | 微生物学に関する単位を履修していることが望ましいが、必須ではない。 |
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| 教科書・参考書等 | [教科書] 使用しない |
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