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現在位置: ホーム ja シラバス(2020年度) 理学部 生物科学系教室 バイオインフォマティクス バイオインフォマティクス

バイオインフォマティクス バイオインフォマティクス

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科目ナンバリング
  • U-SCI00 33711 LJ68
開講年度・開講期 2020・前期
単位数 2 単位
授業形態 講義
配当学年 3回生以上
対象学生 学部生
使用言語 日本語
曜時限 火1
教員
  • 緒方 博之(化学研究所 教授)
  • 遠藤 寿(化学研究所 助教)
授業の概要・目的 バイオインフォマティクスは、分子生物学、細胞生物学、医学、生態学、進化学など、様々な生命科学の研究分野で必須とされる技術である。授業では、ゲノム・メタゲノム解析から得られる大規模配列データから生物学的意味を見出すために利用されるバイオインフォマティクス技術について、その基礎を習得する。手法の背景となる理論・概念を理解すると同時に、解析ツールを利用した数回の演習を行う。演習は、学術情報メディアセンターの計算機システムを利用する。
到達目標 ・配列解析の基礎となるアライメント、類似配列検索、遺伝子予測、分子系統解析などの計算手法の原理を理解する。
・タンパク質の機能予測、比較ゲノム解析、メタゲノム解析で利用される手法や概念を理解する。
・上述の手法について、実際にソフトウェアの利用を通して、解析ツールの使い方とその機能を習得する。
授業計画と内容 第1回  配列アライメント(遠藤)
第2回  ホモロジー検索【演習】(遠藤)
第3回  ホモロジー検索(緒方)
第4回  遺伝子予測(緒方)
第5回  機能・構造予測【演習】(遠藤)
第6回  データベース利用【演習】(遠藤)
第7回  分子系統解析(緒方)
第8回  分子系統解析【演習】(緒方)
第9回  データベース利用・文献検索(遠藤)
第10回 分子進化(緒方)
第11回 アセンブリ・マッピング(緒方)
第12回 比較ゲノム・検定(緒方)
第13回 メタゲノム解析(緒方)
第14回 メタゲノム解析【演習】(遠藤)
第15回 フィードバック・補足(緒方)
履修要件 分子生物学の基礎を習得していることが望ましいが、必須ではない。
授業外学習(予習・復習)等 ・予習は必ずしも必要ない
・復習においては、講義資料、関連論文の調査、ソフトウェアを実際に利用することを通して、授業内容の理解を深める。
教科書
  • 用意した講義プリントを各課題のはじめに配布する。
参考書等
  • バイオインフォマティクス入門, 日本バイオインフォマティクス学会編, (慶応義塾大学出版会), ISBN: ISBN:978-4-7664-2251-1
  • はじめてのバイオインフォマティクス, 藤博幸(編), (講談社), ISBN: ISBN:4061538624
  • Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis, David Mount, (Cold Spring Harbor Laboratory Press), ISBN: ISBN:0879697121
  • ポストゲノム情報への招待, 金久實, (共立出版), ISBN: ISBN:4320055748